В границите на Националния парк са обособени 9 резервата  - „Боатин”, „Царичина”, „Козя стена”, „Стенето”, „Стара река”, „Джендема”, „Северен Джендем”, „Пеещи скали” и „Соколна”. Категорията "резерват" според нашето законодателство е с най-висока степен на защита и корелира с категория Iа – строг природен резерват,  съгласно класификацията на Международния съюз за защита на природата.

За резервати са обявявени образци от естествени екосистеми, включващи характерни и/или забележителни диви растителни и животински видове и местообитанията им. Общата им площ в Парка е 20 060.18 ха и съставляват зона Резервати, съгласно зонирането на територията.
 
Със заповеди на Министъра на околната среда и водите в резерватите са определени маркирани пътеки за преминаване на хора, включително с образователна цел.

Дирекция „НП Централен Балкан” извършва дейности по управление и охрана и на два резервата в близост до границите на Парка - резерват „Еленова гора”  и поддържан резерват „Чамджа”.